Bei der Array-CGH-Methode (Comparative Genomic Hybridization) wird durch Hybridisierung von Patienten-DNA auf einem Objekträger ("Chip") mit rasterförmig angeordneten DNA-Fragmenten (BAC-Klone) eine komplexe Diagnostik durchgeführt.

So können in einem Schritt innerhalb von 3-4 Tagen folgende Syndrome diagnostiziert werden:

- 41 Subtelomerregionen 

- 1p36

- Kongenitale Adrenale Hypoplasie

- Alagille-Syndrom

- Angelman-/Prader-Willi-Syndrom

- Azoospermie A,B,C

- Beckwith-Wiedemann-Syndrom

- Cri-du-Chat-Syndrom

- DiGeorge-Syndrom

- Muskeldystrophie Duchenne

- Greig-Syndrom 

- Kallmann-Syndrom

- Langer-Giedion-Syndrom

- Müller-Dieker-Syndrom

- Polyzystische Nierenerkrankung Typ I

- Retinoblastom I

- Rubinstein-Taybi-Syndrom 

- Smith-Magenis-Syndrom

- Williams-Beuren-Syndrom

- Wilms-Tumor

- Wolf-Hirschorn-Syndrom sowie weitere seltenere Syndrome

Die Methode wird vor allem bei unklaren Retardierungsssyndromen nach unauffälliger Zytogenetik empfohlen.Nach Angaben aus der Literatur beträgt die Detektionsrate bei diesen Fällen ca. 15-25%. Benötigtes Material: ca. 2-3 ml EDTA-Blut

Darüberhinaus ist die Methode in der Pränataldiagnostik insbesondere bei auffälligem Ultraschallbefund mit ebenfalls unauffälligem Chromosomenbefund anwendbar.